婺源县医疗保障局设4个内设机构，1个中心：

（一）办公室。

负责机关日常运转，承担安全、信访、保密、政务公开、对外合作交流等工作。承担机关和所属单位的人事管理、机构编制、教育培训、队伍建设等工作。负责机关和所属单位的党群工作。

（二）待遇保障股。贯彻执行医疗保障筹资政策和待遇支付政策，承担医疗保障待遇管理工作；统筹推进多层次医疗保障体系建设；
（三）基金监管股。负责贯彻执行医疗保障基金监督管理制度；建立健全医疗保障基金安全防控机制；建立健全医疗保障信用评价体系。监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，依法查处医疗保障领域违法违规行为。承担行政执法核审合议、行政复议、行政应诉等工作。

（四）医疗管控股。贯彻执行医疗保障目录和支付标准政策，执行上级有关医保目录准入谈判规则并组织实施。探索推进协议服务机构标准化建设，负责医疗保障定点医药机构准入、退出和考核工作。组织推进医保支付方式改革，建立医保对医疗行为的激励约束机制以及对医疗费用的控制机制。组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。贯彻执行上级药品、医用耗材的招标采购政策并监督实施；负责全县药品、医用耗材招标采购平台建设。贯彻执行医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策；建立价格信息监测制度；执行上级药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理政策并监督实施。  

（五）县医疗保障服务中心。负责全县医疗保险、生育保险、医疗救助等人员参保登记和医疗保障费用审核工作；做好基金征收工作；承办医疗保险关系转移、接续工作；负责本县医疗保险定点医药机构门诊、刷卡售药医疗保险费用及特殊人群医疗费用审核、结算工作；负责异地就医登记备案管理和异地就医清算等工作；负责全县医疗保障基（资）金管理、预决算和市级统筹管理。负责医疗保障基金归集,拟订医疗保障基金年度收支计划。执行上级经办服务规程，规范医保经办业务和窗口建设。承担医疗保障系统网络建设、改造及网络运行和维护工作；承担应用系统日常管理和维护；参与对医保信息数据的处理、挖掘和深化利用工作，为决策和数据综合分析利用提供技术支持；承担医疗保障信息管理、数据安全保障、医保数据统计和基金运行分析等工作;贯彻执行医疗救助政策；负责内部控制、内部审计和风险防控工作。承担县医保局交办的其他工作。